Pada zaman Bupati R.A Dipakusumo I, atas perintah Gubernur Semarang yang datang ke Banyumas tanggal 18 Desember 1831. Bupati memerintahkan agar membentuk desa-desa yang dikepalai oleh Lurah dan pembantunya yang disebut Parabot Desa (Junjang Kerawat).
Desa Kalitinggar merupakan gabungan dari dua desa yaitu :
1. Desa Kaligawe yang dipimpin oleh Lurah :
- Jayadirana pada tahun 1832-1861.
- Yasadikrama pada tahun 1861-1893.
- Sutareja pada tahun 1893-1920.
- Yasadiwirya pada tahun 1920-1924.
2. Desa Tinggarjaya yang dipimpin oleh Lurah :
- Arsadirana pada tahun 1832-1846.
- Karyadiwangsa pada tahun 1846-1875.
- Kartawikrama pada tahun 1875-1891.
- Jayadikrana pada tahun 1891-1924.
kemudian pada hari Senin Pahing tanggal 25 Februari 1924 Desa Kaligawe dan Desa Tinggarjaya bergabung menjadi Desa Kalitinggar yang dipimpin :
- Dipawikarta pada tahun 1924-1927.
- Yasadiwirya pada tahun 1927-1945.
- M Sudirjo pada tahun 1945-1979.
- Martosuparno pada tahun 1980-1989.
- Wignyo pada tahun 1989-2001.
Pada tanggal 31 Mei 2001 Desa Kalitinggar mengalami pemecahan desa yaitu Desa Kalitinggar dan Desa Kalitinggar Kidul.
Desa Kalitinggar dipimpin oleh seorang Kepala Desa setelah pemecahan yaitu :
- Wignyo pada tahun 2001-2006.
- Wasto pada tahun 2006-2013.
- Untung Supriyatno pada tahun 2013-2019.
- Wasto pada tahun 2019-sekarang.